Τα Χανιά και το Ηράκλειο έχουν ερείπια των Βυζαντινών ναυπηγείων στα λιμάνια τους. Αυτά που βρίσκονται στα Χανιά είναι πολύ εντυπωσιακά, καλύτερα διατηρημένα και διαμορφώνουν το δικό τους κομμάτι στο γραφικότατο Βενετικό λιμάνι των Χανίων. Τα ναυπηγεία (αρσενάλια) χρησιμοποιήθηκαν για την επισκευή πλοίων και το κάθε ένα από αυτά χωρούσε ένα πλοίο.