Το χωριό Άγιος Ιωάννης απέχει 56 χιλιόμετρα από το Ρέθυμνο, στο δρόμο Ρέθυμνο - Απόστολοι - Μέρωνας - Άγιος Ιωάννης. Στο χωριό υπάρχει μία βυζαντινή εκκλησία.