Το χωριό Σκοτεινό βρίσκεται 20 χιλιόμετρα ανατολικά από το Ηράκλειο, στρίβοντας δεξιά στο 18ο χιλιόμετρο του εθνικού δρόμου Ηρακλείου - Αγίου Νικολάου. Ακολουθήστε τη διακλάδωση δυτικά για τη Σπηλιά του Σκοτεινού (υπάρχουν πινακίδες). Η σπηλιά βρίσκεται έξω απ' το χωριό.