Μπροστά από τα παλάτια, πιο κοντά στο Όρος Τραόσταλος βρίσκεται ένα ασφαλές αγκυροβόλιο. Κατά τη διάρκεια των Μινωικών Χρόνων η Ζάκρος ήταν πόλη - λιμάνι που παρείχε εύκολη πρόσβαση στα ανατολικά.