Un altro insediamento minoico è stato individuato nella località di Mirtos Pirgos. Era un attivo centro urbano nel Primo Periodo Minoico, proprio come quello di Fournou Karfì, ma fu distrutto nello stesso momento di quest'ultimo. Fu ricostruito e popolato nelle epoche minoiche successive. Durante il Nuovo Periodo Palaziale, sulla sommità dell'altura fu eretta una grande villa. Una cisterna risalente all'Antico Periodo Palaziale si ritiene che sia la più profonda di tutte quelle rinvenute nell'isola di Creta.

Il sito archeologico, sulla sommità dell'altura sul lato nord della strada principale, è segnalato prima dell'entrata nell'abitato di Mirtos. Una strada sterrata porta qui ad un ponte veneziano, sulla vecchia strada per Ieràpetra. Il tracciato parte dalla base della collina, vicino alla superstrada. Non è facile da individuare a causa delle recenti inondazioni, ma se si sale un po' è chiaramente segnato con pietre bianche. La salita dura un quarto d'ora e vale veramente la pena di arrivare sulla sommità dell'altura. La villa minoica, costruita su uno sperone roccioso, domina un panorama mozzafiato sull'azzurro del Mar Libico. Una strada a gradini parte dalla città sul fianco orientale della collina e conduce ad un cortile lastricato difronte ad un'abitazione. La cisterna del cortile è di un periodo precedente e fu riempita di pietre al momento della costruzione della villa. La parte frontale dalla villa era percorsa dal caratteristico passaggio minoico sopraelevato. Il bordo del passaggio era realizzato in pietra calcarea rossa, come anche la base delle colonne di legno sui due lati del pilastro di sostegno. L'entrata della villa dalla parte della veranda si trovava ad ovest e conduceva ad un passaggio che continuava prima a nord verso una scalinata (ora coperta per protezione) e dopo ad una stanza con un foro per l'illuminazione, dal pavimento in pietra calcarea purpurea. Qui si trovava anche una panca, ora coperta per protezione. I resti rinvenuti nell'ala orientale suggeriscono l'esistenza di un grande ambiente al piano di sopra.

Sul versante settentrionale della collina, al di sotto della villa, si trovano i resti della più profonda cisterna minoica in suolo cretese.

Gli interessanti reperti della zona di Mirtos sono in esposizione al museo di Agios Nikòlaos ed Iraklion.