Η εκκλησία της Παναγίας της Σερβιώτισσας του Μοναστηριού του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στο μέσο ενός χωραφιού καθώς κατεβαίνετε το δρόμο από τα Μεγάλα Χωράφια, μετά το μινωικό νεκροταφείο. Μπορείτε να φτάσετε στην εκκλησία από ένα χωματόδρομο στα αριστερά που απέχει περίπου δύο χιλιόμετρα από το νεκροταφείο. Ακολουθήστε το πέρασμα και προχωρήστε αριστερά προς την κοίτη του ποταμού. Ένα μονοπάτι περίπου 400 μέτρα δεξιότερα οδηγεί στην εκκλησία.

Η εκκλησία της Παναγίας της Σερβιώτισσας αποτελεί ένα από τα χαρακτηριστικότερα παραδείγματα βυζαντινής αρχιτεκτονικής στην Κρήτη. Κτίστηκε κατά τη Δεύτερη Βυζαντινή Περίοδο (12ος αιώνας) και παρουσιάζει επιρροές από ρυθμούς εκκλησιαστικής αρχιτεκτονικής που αναπτύχθηκαν παλιότερα, κυρίως από την Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης. Η εκκλησία έχει σταυροειδή αρχιτεκτονική με ένα ίσων αποστάσεων σταυρό κι ένα κυλινδρικό θόλο στηριγμένο στη διατομή των κλιτών. Τα άλλα δωμάτια χαμηλότερου ύψους χτίστηκαν έτσι ώστε το εξωτερικό σχήμα της εκκλησίας να είναι ορθογώνιο. Είναι εμπλουτισμένη με πολλά παράθυρα καμάρες ιδιαίτερα προς την κορυφή και διακοσμημένη με πολλά πανέμορφα στοιχεία βυζαντινού ρυθμού. Τα παράθυρα με τις καμάρες είναι κατασκευασμένα από πέτρα. Η στέγη έχει οδοντωτή διακόσμηση και τα παράθυρα στον κύριο χώρο και ολόγυρα από την εκκλησία είναι από πλίνθους. Πίσω από το ιερό υπάρχει ένα παράθυρο διακοσμημένο με ένα κίονα που αφήνει δύο ανοίγματα. Ακόμα ένας διακοσμητικός κίονας βρίσκεται ψηλά στο ένα πλάι της εκκλησίας. Η πανέμορφη αυτή εκκλησία είναι χτισμένη στο κέντρο ενός πορτοκαλεώνα.