Hersonisos était, aussi, une importante région Byzantine et le siège d'un archevêché de la première période Byzantine. Une basilique à trois ailes, du cinquième siècle, a été excavée à Kastri - l'une des plus grande de Crète. Le sol de l'église est recouvert de mosaïque. A l'est de la ville, il y a une autre basilique datant du sixième siècle et son sol est, aussi, recouvert de mosaïque.