Οι ίδιες γεωλογικές δυνάμεις που σμίλεψαν τις οροσειρές δημιούργησαν σε ολόκληρο το νησί απόκρημνες σπηλιές και απαράμιλλα σε φυσικό μεγαλείο φαράγγια που προκαλούν δέος. Το πιο διάσημο φαράγγι είναι αυτό της Σαμαριάς, το οποίο έχοντας μήκος 16 χιλιόμετρα είναι το μεγαλύτερο και ένα από τα εντυπωσιακότερα της Ευρώπης. Κάθε χρόνο χιλιάδες τουρίστες το διασχίζουν αφιερώνοντας 6-7 ώρες πεζοπορίας, σε κατηφορικό έδαφος. Άλλα λιγότερο γνωστά φαράγγια είναι η ρεματιά της Ίμπρου που ξεκινάει από το οροπέδιο του Ασκύφου και καταλήγει στο Λιβυκό πέλαγος, το φαράγγι Κοτσυφού και το Κουρταλιώτικο φαράγγι. Τα δυο τελευταία απέχουν μόλις λίγα χιλιόμετρα το ένα από το άλλο και βρίσκονται κοντά στον Πλακιά, στο νομό Ρεθύμνου. Στο δυτικό τμήμα της Κρήτης υπάρχει επίσης το φαράγγι της Αγίας Ειρήνης και στην ανατολική Κρήτη η Κοιλάδα των Νεκρών, που ονομάστηκε έτσι από τους Μινωικούς τάφους που βρέθηκαν στην περιοχή, καθώς και το Φαράγγι του Χα, ένα πολύ στενό και κάθετο φαράγγι δύσκολα προσβάσιμο.