Τη μακρά περίοδο της Νεολιθικής εποχής διαδέχτηκε η Μινωική περίοδος. Ο Άρθουρ Έβανς, ο αρχαιολόγος που διενέργησε τις ανασκαφές στο Παλάτι της Κνωσού, ονόμασε αναδρομικά αυτή την εποχή Μινωική από το μυθικό κυβερνήτη της Κνωσού, το βασιλιά Μίνωα. Αυτή η περίοδος διάρκεσε περίπου 1.500 χρόνια και αποτέλεσε τη "Χρυσή Εποχή" της Κρήτης. Ο Έβανς χώρισε τη Μινωική εποχή σε Πρωτομινωική (3000-2000 π.Χ.), Μεσομινωική Ι και ΙΙ (2000 - 1600 π.Χ.), Μεσομινωική ΙΙΙ, Υστερομινωική Ι και ΙΙ (1700 - 1400 π.Χ.) και Υστερομινωική ΙΙΙ (1400 - 1100 π.Χ.).

Οι Μινωίτες κυβέρνησαν εκτός από την Κρήτη και άλλα Αιγαιοπελαγίτικα νησιά, καθώς και αρκετές πόλεις της ενδοχώρας. Νέα κτίρια αντικατέστησαν τις κατοικίες των σπηλαίων της προηγούμενης εποχής ενώ η αρχιτεκτονική της υστερομινωικής περιόδου άγγιξε τα όρια της τελειότητας. Τότε κατασκευάστηκαν τα επιβλητικά παλάτια της Κνωσού, της Φαιστού και των Μαλίων και της Ζάκρου που διατηρούνται ως τις μέρες μας. Κατά τη διάρκεια αυτής της "Χρυσής Εποχής" κορυφώθηκε η κατασκευή έργων τέχνης υψηλής αισθητικής και εντυπωσιακών οικοδομημάτων. Κατά την ίδια περίοδο ο μεγάλος Μινωικός στόλος κυριαρχούσε στη Μεσόγειο παρέχοντας πλούτο στο νησί από το εμπόριο και προσφέροντας παράλληλα προστασία από τους εισβολείς. Γενικά, πάντως οι Μινωίτες ήταν ένας ειρηνικός λαός που αγαπούσε τη ζωή και είχε παγιώσει την ισότητα ανδρών - γυναικών. Γύρω από τις μινωικές πόλεις δε βρέθηκαν σημάδια οχύρωσης, γεγονός που αποκαλύπτει ότι η διαρκής ειρήνη και η ασφάλεια κυριαρχούσαν στο νησί. Ένας μεγάλος σεισμός έπληξε την Κρήτη γύρω στο 1700 π.Χ. καταστρέφοντας ολοκληρωτικά τα παλάτια, τα οποία όμως ξαναχτίστηκαν αμέσως και ο μινωικός πολιτισμός συνέχισε να ακμάζει ακόμα περισσότερο εμπλουτισμένος και επιβλητικός.

Λίγους αιώνες αργότερα όμως, γύρω στο 1450 π.Χ., ένα νέο κύμα καταστροφής χτύπησε την Κρήτη προκαλώντας μεγάλης κλίμακας καταστροφές στα παλάτια και τους οικισμούς. Το γεγονός αυτό μάλιστα είχε σαν αποτέλεσμα τη εξαφάνιση του περίλαμπρου αυτού πολιτισμού. Τα παλάτια κατέρρευσαν και κάηκαν και οι μικρότεροι οικισμοί ερημώθηκαν. Οι πραγματικές αιτίες που οδήγησαν σ' αυτή την καταστροφή είναι ακόμα άγνωστες και αμφισβητούμενες. Μια θεωρία λέει ότι κάποια ισχυρή έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης ήταν αυτή που ερήμωσε τότε την Κρήτη. Όποια κι αν ήταν η αιτία, το τέλος του Μινωικού πολιτισμού ήταν ξαφνικό. Ο μινωικός στόλος καταστράφηκε, οι οικισμοί ισοπεδώθηκαν και ο πληθυσμός ελαττώθηκε. Την ίδια περίοδο μετανάστευσαν στην Κρήτη Μυκηναίοι Έλληνες (Αχαιοί) από την Πελοπόννησο. Δεν είναι γνωστό αν υπήρξε μία μαζική εισβολή στο κατεστραμμένο νησί ή αν ήταν μία σταδιακή μετανάστευση που διάρκεσε κάποια χρόνια και υποστηρίχτηκε από γάμους μεταξύ των οικογενειών των ευγενών. Αλληλεπιδράσεις μεταξύ των Μινωιτών και των Μυκηναίων δημιούργησαν ένα κράμα στους τομείς του πολιτισμού και της τέχνης, ενώ νέες πόλεις και παλάτια εμφανίζονται, ειδικά στη δυτική Κρήτη.