Κατά την Υστεροανακτορική περίοδο (μετά το 1450 π.Χ.) ο πληθυσμός της Κρήτης ήταν Μίνωες, Αχαιοί και Κύδωνες. Νέες πόλεις δημιουργήθηκαν αυτή την εποχή, αρκετές από τις οποίες βρέθηκαν στη δυτική πλευρά του νησιού. Ο μύθος λέει ότι ο Αγαμέμνονας ο βασιλιάς των Μυκηνών ίδρυσε την Πέργαμο, τη Λάππα και την Τέγκλα. Οι Αχαιοί συμμετείχαν επίσης στο χτίσιμο της Πολυρρήνιας. Ο Μινωικός πολιτισμός συνεχίστηκε αυτή την περίοδο αλλά η παρακμή του είχε αρχίσει. Οι Κρητικοί πάντως, δεν είχαν αφομοιωθεί από τους νέους εισβολείς. Η αρχιτεκτονική των πόλεων παρέμενε αναλλοίωτη και δεν επηρεάστηκε από το Μυκηναϊκό τρόπο κτισίματος.