Αρκετές από τις εκκλησίες στην Κρήτη χτίστηκαν σε εσοχές σκαλισμένων βράχων, στις κορυφές τους, μέσα σε σπηλιές ή και σε παλαιότερα κτίρια. Η εκκλησία του Καθολικού στο Ακρωτήρι Κυδωνίας, το παλαιότερο μοναστήρι στην Κρήτη, είναι ένα παράδειγμα εκκλησίας που χτίστηκε χαράζοντας τον κατακόρυφο βράχο μιας βουνοπλαγιάς. Η εκκλησία του Αγίου Ιασάτου στον Άγιο Θωμά Μονοφατσίου χτίστηκε χαράζοντας ένα μεγάλο βράχο για να στεγαστεί η εκκλησία. Η Παναγία στους Δυο Βράχους στο Φρε Αποκορώνου είναι χτισμένη στην κορυφή δυο μεγάλων βράχων. Μια εκκλησία χτισμένη εξ' ολοκλήρου μέσα σε σπηλιά είναι η εκκλησία του Αγίου Μάμα στα Κυριακοσέλια Αποκορώνου. Σε σπηλιά είναι χτισμένη και η εκκλησία της Παναγίας (Κερά Σπηλιώτισσα) στον Άγιο Θωμά Μονοφατσίου.