Plusieurs églises Crétoises furent construites à l’intérieur d’une grotte, au sommet de grands rochers et sur les fondations d’autres édifices. Le plus ancien monastère en Crète, l’église de Katholiko à l’Akrotiri (Kydonia), est un exemple d’église construite en perçant un trou dans le flanc d’une montagne en pure roche. L’église d’Agios Iasatos à Agios Thomas (Monofatsi), a été construite en taillant un grand rocher pour l’abriter. Un exemple d’église construite par-dessus deux rochers est la Panagia sur Deux Rochers à Fres (Apokoronas). L’église d’Agios Mamas à Kyriakoselia (Apokoronas), est construite entièrement dans une grotte, comme c’est également le cas pour l’église de la Panagia (Kera Spiliotissa) à Agios Thomas, Monofatsi.