Το 16ο αιώνα οι Βενετοί έδωσαν στην πόλη το σημερινό της όνομα, που το πήραν από το Παρεκκλήσι του Αγίου Νικολάου που βρίσκεται στη χερσόνησο του Λιμένα. Η μικρή αυτή βυζαντινή εκκλησία περιέχει σπάνιες τοιχογραφίες από τον 8ο, το 10ο και τον 11ο αιώνα. Η εκκλησία αυτή θεωρείται ότι αποτελεί σπάνιο δείγμα βυζαντινής εκκλησίας που χτίστηκε την ταραγμένη περίοδο του όγδοου αιώνα, όταν οι Άραβες πίεζαν τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Η εκκλησία βρίσκεται στα όρια του ξενοδοχείου Μίνως Παλλάς, που βρίσκεται στον κόλπο του Αγίου Νικολάου και στη βόρεια πλευρά της πόλης, προς την Ελούντα.