Au seizième siècle, les Vénitiens donnèrent à la ville son nom actuel, pris de la chapelle d'Agios Nikolaos, sur la péninsule de Limena. Cette petite église Byzantine contient des fresques rares des huitième, dixième et onzième siècle et est un rare exemple d'église Byzantine construite durant les temps troublés du huitième siècle, quand les Arabes pressaient l'Empire Byzantin. L'église se trouve sur les terrains du Minos Palace Hôtel, dans la baie d'Agios Nikolaos sur la lisière nord de la ville, vers Elounda.