Le gouvernement de la première période Byzantine dura de 395 av. J.C., jusqu’en 824 ap. J.C.. Pendant cette période, la Crète fit partie de l’Empire Byzantin, dont la capitale était Constantinople. Elle devint une province séparée dans l’Empire et eut un général Byzantin comme gouverneur. Ce fait permit à la Crète de participer à la construction de l’Empire Byzantin Grec. Le Christianisme s’étendit en Crète et s’y établit. D’élégantes églises et basiliques furent construites. Il y a le témoignage d’au moins 40 basiliques de cette période: Gortyn, Hersonisos, Sougia, Elounda et Itanos sont quelques- unes des plus importantes.