Amnisos est situé à 7km à l'est d'Iraklion, sur la route Iraklion - Agios Nikolaos.

Cette station balnéaire était, autrefois, un port important pour Knossos. Homère y fit allusion dans l'Odyssée, comme un port dans lequel il est difficile de débarquer.

Le général Byzantin Karteros débarqua ici, pour battre les Sarrasins en 824. Durant la célébration de la victoire du général, les Sarrasins attaquèrent, chassèrent et tuèrent Karteros. Cette région porte le nom de Karteros actuellement.