Genauso reich wie die Pflanzenwelt Kretas ist auch das Tierreich. Die einzigartige Kretische Wildziege oder "Kri-Kri" (Capra aegagrus - cretica) ist schon vom Aussehen her ein besonderes Tier. Es steht unter Naturschutz und lebt nur in den Weißen Bergen, im Samaria-Nationalpark und auf den Inselchen Dia, Theodorou und Agii Pandes.

Die Kretische "Stachelratte(Acomus mimus) ist noch ein Tier, das nur auf Kreta existiert. Andere nennenswerte Säuger sind der Kretische Marder (Martes foina- bunites), der Kretische Dachs (Meles meles-arcalus) und die Kretische Wildkatze (Felis silvestris agrius).

Mehrere Eidechsenarten leben auf der Insel. Die Balkaneidechse mit ihrer intensiven Grüntönung kann über einen Meter lang werden. Es gibt auch eine giftige Schlange (Kreuzotter), obwohl die Einwohner behaupten, daß der Heilige Titus die Schlangen von der Insel verjagt habe.

Auch Vögel sind auf Kreta zahlreich vertreten. Besonders erwähnt sei der Kretische Goldadler (Aquila chrysaetus) und der Lämmergeier (Gypaetus barbatus), eine in der ganzen Welt sonst nirgends vorkommende Unterart. In den Schluchten und Berghängen lebt der Griffon-Geier. An Singvögeln sieht man vor allem die Schwalben und manchmal auch einen Goldfinken. Darüber hinaus ist Kreta für viele Wandervögel eine Zwischenstation auf dem Weg von Europa nach Afrika und zurück.