Manche halten die Agios Nikolaos-Kirche für die schönste Kirche Kretas, besonders wegen ihrer bezaubernden und guterhaltenen Wandmalereien mit Vorliebe für Blautönungen. Zudem ist sie ein weiteres herausragendes Beispiel byzantinischer Architektur auf Kreta. Der Grundriß ist kreuzförmig, aber da das Längsschiff (West-Ost) viel länger und breiter ist als das Querschiff (Nord-Süd) ist der Gesamteindruck vom Kircheninneren fast der eines rechteckigen Bauwerkes. Auf jeder Seite sind blinde Bögen. Die Fenster wurden mit Halbkreisen aus Ziegelwerk betont. Bei den Seitenfenstern schaffen die kapitellgekrönten Säulen zwei Öffnungen für den Lichteinlaß. Auffallend ist auch der langgezogene, halbkreisförmige Sockel am Schnittpunkt. Die Kuppel ist mit Ziegeln gedeckt und hat lange, schmale, schön mit Ziegelsteinen verzierte Fenster. Vor der eigentlichen Kirche wurde in späteren Zeiten ein großer Narthex angebaut.

Zur Zeit wird die Kirche gerade renoviert, der interessierte Besucher kann jedoch den Schlüssel im Kafeneion von Samonas erhalten und die Kirche in Begleitung des Küsters besichtigen.