In der archäologischen Welt machte sich Mirtos allerdings besonders einen Namen als Ort einer großen minoischen Siedlung aus der frühminoischen (Vorpalast-) Zeit. Die Siedlung von Fournou Karfi war bewohnt von 2.500 v. Chr. bis 2.170 v. Chr., wo sie einem Brand zum Opfer fiel. Zahlreiche Töpferstücke im Vasiliki-Stil waren hier ans Licht gekommen. Darüberhinaus lieferte die Stätte wertvolle Informationen über die ersten minoischen Siedlungen.

Die bemerkenswerten Fundstücke aus der Gegend von Mirtos sind in den Museen von Agios Nikolaos und von Iraklion ausgestellt.