Im Jahre 824 n. Chr. eroberten arabische Sarazenen die Insel, zerstörten die Hauptstadt Gortyn und errichteten eine neue an der Stelle des heutigen Iraklion. Um die Stadt herum legten sie einen Stadtgraben (Khandak) an und nannten deshalb die neue Hauptstadt El Khandak.

So begannen fast eineinhalb Jahrhunderte arabischer Herrschaft. Kreta wurde zum Stützpunkt der sarazenischen Piraten im östlichen Mittelmeer. Die christliche Bevölkerung litt unter Verfolgungen, konnte aber ihr Leben weiterführen, vor allem in den Bergregionen.