Zum Bau der meisten kretischen Kirchen wurde das nächstliegendste Material verwendet. Oft waren das Überreste anderer älterer Kirchen oder griechischer und römischer Tempel. Bestimmte Plätze hatten bereits den Minoern als Heiligtum gedient, später entstand an derselben Stelle ein griechischer Tempel und schließlich eine christliche Kirche. Die Panagia-Kirche in Thronos (Amari) steht auf dem Mosaikboden einer älteren byzantinischen Kirche. Die bereits erwähnte Agios Iasatos-Kirche in Agios Thomas (Monofatsi) hat ihren Hof genau dort, wo einst ein griechischer Tempel stand. Die Agios Kirikos-Kirche in Lissos (Selino) wurde auf den Überresten einer Basilika aus dem 5. oder 6. Jahrhundert erbaut und besteht unter anderem aus den Marmorplatten eines antiken Tempels. Ähnliches gilt für die Kirche Ai Yanni Kyr-Yannis in Alikianos (Kydonia), Agios Pandeleimonas in Bizariano (Pigi, Pediada) und Panagia Paliani in Venerato, wo Kapitelle aus antiken Bauten verwendet worden waren.