Der Ort Melidoni liegt 29km östlich von Rethimnon neben der Nationalstraße nach Iraklion und dem Ort Perama auf der Strecke Rethimnon - Panormon - Perama - Melidoni. Bekannt ist Melidoni wegen seiner Höhle, die sowohl archäologisch als auch geschichtlich einige Bedeutung hat.