In der Mitte von Agios Thomas ist die gleichnamige byzantinische Kirche im Stil einer dreischiffigen Basilika mit Narthex an der Vorderseite. Der Narthex ist in drei Abschnitte unterteilt und ist ebenso hoch wie das Hauptschiff. Am Schnittpunkt vom Narthex und Hauptschiff erhebt sich die große Kuppel.