A côté de l'église Catholique Romaine se trouve le Musée Archéologique de Chania. Ce bâtiment était l'ancienne et superbe église Vénitienne de San Francesco. Cela vaut la peine de le visiter de manière à voir l'intérieur de l'église et son jardin. Il y a également des objets d'art locaux très intéressants de l'époque Minoenne, Hellénistique et Romaine. Les objets exposés au musée furent découverts localement et suivent un ordre chronologique de présentation en commençant par les pièces d'art Néolithiques. Les objets exposés sont bien étiquetés en Grec et en Anglais et il y a une brève légende qui décrit leur importance et l'endroit où ils ont été trouvés.

Deux tablettes d'argile, écrites en Linéaire A et B, sont également exposées. A l'exception des tablettes découvertes à Knossos, ces tablettes excavées à Kastelli sont les seuls exemples des deux écritures trouvées ensemble.

Il y a également des objets d'art locaux très intéressants de l'époque Minoenne, Hellénistique et Romaine. Les objets exposés au musée furent découverts localement et suivent un ordre chronologique de présentation en commençant par les pièces d'art Néolithiques. Les objets exposés sont bien étiquetés en Grec et en Anglais et il y a une brève légende qui décrit leur importance et l'endroit où ils ont été trouvés.

Les objets exposés au musée furent découverts localement et suivent un ordre chronologique de présentation en commençant par les pièces d'art Néolithiques.

A l'avant, dominent les poteries Minoennes, comprenant également de grandes jarres (pithari).

Au centre de la salle, il y a une collection de larnakes, ou tombeaux d'argile Minoens, délicieusement peints et décorés avec des oiseaux et des poulpes ainsi que des doubles haches et des cornes du culte Minoen. L'un des larnakes contient encore deux petits squelettes.

Plus en arrière, il y a un certain nombre d'objets Gréco-Romains comprenant de la verrerie, des mosaïques et des sculptures. Au fond du musée, il y a une magnifique statue Romaine, connue sous le nom de Philosophe d'Elyros, excavée de cette région de Crète.

Le bâtiment du musée lui-même est de style purement Vénitien, avec ses arches pointues. L'aile centrale était flanquée de trois chapelles dômées (à droite et à gauche de l'entrée actuelle). Un clocher existait aussi exactement à gauche de l'actuelle entrée. L'église, convertie en Tzami de Yousouf Aga durant l'occupation Turque, avait une grande aile centrale et deux autres à droite et à gauche. Les ailes sont séparées par des arches. L'aile du côté nord a quatre chapelles; les ruines du minaret sont dans le jardin.

Dans le jardin, l'on peut voir des portes Vénitiennes, qui y ont été transférées après que les résidences auxquelles elles appartenaient se fussent écroulées. Deux d'entre elles appartenaient à la résidence Zangaroli qui se trouvait dans le quartier Kastelli. Zangaroli était le gouverneur Vénitien de la Crète (environ vers 1606) et ses fils, orthodoxes convertis, construisirent le Monastère d'Agia Triada à l'Akrotiri. Il y a également deux fontaines dans le jardin; l'une est turque et l'autre (qui fonctionne) est la fontaine Vénitienne de la place Sindrivani.