La Grotta di San Giovanni (Spileo Ioannis) si trova accanto al Monastero di Katholikò. L'imperatore bizantino Nikiforos Fokàs inviò San Giovanni l'Eremita a Creta nel X secolo. Egli visse e morì in questa grotta e fu sepolto lì accanto.

La grotta contiene alcune stalattiti e stalagmiti, misura 150 metri di lunghezza e 40 metri di larghezza, mentre l'altezza varia da 3 a 20 metri.