Spinalonga rimase in mano ai veneziani per circa mezzo secolo dopo la conquista turca dell'isola di Creta. Divenne, in questo periodo, il rifugio delle popolazioni cristiane perseguitate. Solo nel 1715, i Veneziani consegnarono la roccaforte ai turchi con un trattato speciale.

Nel 1903, la Repubblica Cretese trasformò Spinalonga in lebbrosario. La colonia fu definitivamente chiusa nel 1957.