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Dal 1984, la città ospita il terzo museo archeologico per importanza dell'isola di Creta, fondato dall'eminente archeologo cretese Nikos Papadakis. La collezione comprende numerosi reperti provenienti dalla zona di Sitìa e dal Palazzo di Zakros, testimonianza della prosperità e della cultura dell'antica città. Sono esposte anche tavolette in terracotta con testi in Lineare A, provenienti da Zakros. Un insieme di vasi particolarmente interessanti della collezione museale proviene da una nave naufragata al tempo dei romani. Sono conservati in un apposito contenitore, immersi in acqua salata per permettere una migliore conservazione.

Il museo si trova in un grande ambiente costruito intorno ad un cortile. All'entrata del museo si trova una cartina con i recenti scavi archeologici intrapresi ed in corso di scavo.

Nelle due teche difronte vi sono due reperti notevoli: una lucerna in pietra ed un toro incoronato provenienti da tombe del Primo e Medio Periodo Minoico di Mochlos. In questa teca si trovano anche dei reperti dell'isola di Psira, dei quali il più bello è la giara a staffa.

L'altra teca espone una collezione di figure votive provenienti da santuari rupestri, come quello di Petsofàs, sopra Palaìkastro.

Lì vicino si trova il torchio del Tardo Minoico proveniente dalla villa minoica di Zakros.

La teca seguente espone reperti del Palazzo di Zakros, tra i quali una sega in bronzo e grandi vasi che recano evidenti le tracce del catastrofico incendio che distrusse il palazzo. Qui si possono osservare altri oggetti comuni nei palazzi minoici, che ne sottolineano la loro funzione economica: tavolette in terracotta in Lineare A (registrazione) e grandi pithari (deposito). La sezione dedicata al Palazzo di Zakros espone anche una serie di utensili per la cucina e per la tavola. Qui si trovano anche gli oggetti di uso cultuale, come le corna per la consacrazione, le asce bipenne e i kernoi (tavole rotonde usate per le offerte).

Le teche allineate lungo la parete espongono reperti di siti del Primo e del Medio Periodo Minoico, come quello di Palaìkastro. Si tratta di oggetti di bronzo, corna di pietra per la consacrazione e vasi a quattro coppe. Una delle teche vicino alla parete espone del vasellame del Tardo Minoico, rinvenuto nella zona di Sitìa.