Una lapide all'entrata della chiesa di Agios Nikòlaos ne riporta la storia. La chiesa faceva originariamente parte del complesso del monastero omonimo del XIII secolo, il cui chiostro è ancora visibile sul lato nord della chiesa. La chiesa di Agios Nikòlaos a Chanià era considerata una delle più importanti della città nel periodo veneziano. Era ampia ed elegante, dall'interno caratterizzato da grandi archi a sesto acuto. La chiesa fu convertita nella Moschea del Sultano Ibrahim in periodo ottomano. Oggigiorno la chiesa, sebbene sottoposta a rimaneggiamenti sostanziali, conserva ancora le mura esterne e la lunga sezione con cupola, separata in piccole porzioni, nella parte settentrionale.

Il minareto della Moschea di Ibrahìm svetta a fianco della chiesa di Agios Nikòlaos ed ha un urgente bisogno di restauro. Durante un leggero terremoto nel 1994, rischiò di crollare rovinosamente.