La solida struttura dei magazzini, con al centro dei pilastri di sostegno, era tipica dell'architettura minoica dei palazzi e serviva di sostegno ai piani superiori. Questa parte del palazzo mette in evidenza lo stretto rapporto che esisteva fra la funzione del palazzo e l'economia minoica.

In questi magazzini sono ancora visibili dei giganteschi pithari.