Kreta hat eine besonders reiche Pflanzenwelt. 130 Arten wilder Blumen und Kräuter gibt es ausschließlich auf Kreta. Dazu gehört der Diktamon (Organium dictamus), der bereits von Aristoteles wegen seines medizinischen Wertes gepriesen wurde. Einzigartig ist auch die immergrüne Platanenart Varietus cretica.

Der Frühling ist, nach den reichlichen Regenfällen des Winters, die beste Jahreszeit, um die Blumenpracht Kretas zu bewundern. Die Felder leuchten vom roten Mohn, und die Luft duftet nach Orangen- und Zitronenblüten. Im Sommer beherrscht das trockene Gebüsch die Landschaft, aber auch Korbweide und Oleander blühen auf den Hängen. Der Winter ist die Zeit der Anemonen.

Die seltensten Pflanzen Kretas gedeihen vor allem in den Schluchten oder auf den steilen Berghängen, so wie in der Faragi Imbrou (Imbros-Schlucht), in der Nähe der Kalergis-Berghütte, und auf der Oropedio Spiliou (Spiliou-Hochebene). Es sind vor allem die Arten Ebenus cretica, Linum arboreum (Flachs), Campanula pelviformis (Glockenblumen), Staechelina arborea und Petromarcula arboreum. Auf den Ebenen und auf den Berggipfeln findet man die Tulipa bakeri, Tulipa saxalitis (Tulpen), Anchusa caespitosa (Ochsenblume), Scabiosa alborincta und Scabiosa minoana (Skabiosen). Die Kretische Palme (Phoenix Theophrastii) am Strand von Vai ist einzigartig auf der ganzen Welt. Zu den seltenen Pflanzen der Küstengegenden zählen Pancratium maritime (Meerlilie), Centaurea pumilio (Flockenblume), Anthemis tomentell und Anthemis filicaulis (Kamille).