Als das Byzantinerreich bereits von den Angriffen der Kreuzfahrer, Araber und Piraten bedroht wurde, trat noch eine weitere Bauweise auf, die Kirchen mit nur einem einzigen Raum (monohoros) schuf. Die Mehrzahl der kretischen Kirchen gehen auf diesen Stil zurück. Sie sind oft sehr klein und auch von außen nicht besonders eindrucksvoll. Doch ihre sorgfältig gewählte Lage bietet oft wundervolle Ausblicke, und die Wandmalereien im Kircheninneren sind einen Besuch wert.

Beispiele solcher Kirchen sind die Agios Stefanos-Kirche in Drakona (Kissamos, 9. Jahrhundert), die Panagia von Gonia (Kissamos, 12. Jahrhundert) und die einschiffige Agios Nikolaos-Kirche in der gleichnamigen Stadt, die auch eine Kuppel hat (8. bis 9. Jahrhundert); Afentis Christos, Potamies; die Panagia, Agios Ioannis, Sfakia; Agios Georgios, Komitades; Agios Antonios, Avdou; Agios Georgios, Apodoulou; die Panagia, Alikambos; Michael Archangelos, Arhanes; Agia Pelagia, Ano Viannos; Agii Apostoli, Lithines.