Obwohl nur wenig historische Denkmäler überlebt haben, beherbergt die Stadt das zweitbeste Archäologische Museum von Kreta. Es wurde 1970 gegründet und hat acht Ausstellungsräume mit Fundstücken von den neuesten Grabungen, die hauptsächlich aus Ostkreta stammen. Die Stücke sind in chronologischer Folge ausgestellt, beginnend mit der Neusteinzeit über die minoische Periode bis hin zu griechisch-römischen Funden. Das Prunkstück des Museums ist die Göttin von Mirtos, ein Keramikgefäß in Form einer Frauengestalt von der Bronzezeit-Siedlung in Fournos bei Mirtos. Es enthält auch wichtige Beispiele der Dädalischen Zeit (siebtes Jahrhundert v. Chr.) als Kreta für eine kurze Zeitspanne an der Spitze der griechischen Welt die Grundlagen für die großartigen Skulpturen der kommenden Jahrhunderte festlegte. Der Kopf einer weiblichen Tonstatue, ein Meisterstück der griechischen Kunst ist ein solches Beispiel.

Die größte Sammlung des Museum stammt vom Agia Fotia-Friedhof bei Sitia, einer der größten Friedhöfe vorgeschichtlicher Zeit von ganz Griechenland. Er umfaßt 252 Gräber aus der frühminoischen Zeit (3.000 - 2.300 v. Chr.), angefangen von kleinen Gruben, wo Kinder bestattet wurden bis hin zu den frühen Versionen der Kammergräber. Viele der Gräber waren über eine lange Zeit hinweg in Gebrauch und enthielten auch Gegenstände, die entweder für das Leben nach dem Tode gedacht waren oder zu den wertvollsten und meistgeschätzten Dingen ihrer ehemaligen Besitzer gezählt hatten.

Die überwältigende Anzahl und Verschiedenheit der Vasen (1.500 v. Chr.) ist besonders bemerkenswert, wenn man bedenkt, daß alle diese Töpferware nicht mit dem Töpferrad geschaffen wurden, sondern auf flachen Steinen, die auf einem drehbaren Tischchen standen, wie man sie in Raum 2 sehen kann. Das einzige Schmuckwerk der Töpferware sind Einritzungen oder Eingravierungen. Als das beste Stück vom Agia Fotia-Friedhof gilt die Vase in Form eines Vogels mit eingeritzten Federn, die frühe Version einer auf Kreta beliebten Form.

Zu den Funden aus den Gräbern zählen auch mehrere hundert Bronzeklingen von ungewöhnlicher Form und Schärfe. Von den Waffen fällt besonders eine verdrehte Klinge ins Auge, Beispiel einer seltenen Gewohnheit, die Waffen eines Toten bei der Bestattung unbrauchbar zu machen. Interessant sind auch die Fischhaken, die zu den frühesten des minoischen Kreta zählen.

Die zweite Gruppe der Töpferwaren im Museum stammt aus der früminoischen Siedlung (2.600 - 2.300 v. Chr.) von Fornou Korfi bei Mirtos. Die Ware unterscheidet sich ganz eindeutig von der Töpferkunst, die von den Gefäßen des Agia Fotia-Friedhofes vertreten wird. Als Prunkstück des Museums gilt die sogenannte Göttin von Mirtos mit ihrer eigentümlichen Form, langen Nacken und bäuerlichen Gesichtszügen.

Auch für die Vasiliki-Ware gibt es im Museum viele Beispiele. Wie schon erwähnt, ist das Kennzeichen dieses Töpferstils die rötlich-braune gesprenkelte Farbe, die absichtlich durch einen unregelmäßigen Brennvorgang erzeugt wurde. Schöne Stücke, die in dieser Technik gearbeitet worden waren, sind in Raum 2 ausgestellt, bemerkenswert ist vor allem die sogenannte 'Teekanne" mit einem langen Schnabel.

Weiterhin finden sich im Museum wunderbare Schmuckstücke aus der Vorpalastzeit. Im Raum 2 sieht man eine elegante minoische Haarnadel und eine goldene Krone oder Diadem, die zusammengefaltet in einem Kästchen aus Silber zum Vorschein gekommen war. Sie gehört zu den besonders seltenen Grabfunden aus jener Zeit, denn die Gewohnheit, Wertgegenstände in den Gräbern zurückzulassen, trat im allgemeinen erst viel später auf.

Arbeiten in Stein, die einen wichtigen Bestandteil der kretischen Kunstgeschichte bilden, sind ebenfalls ausgestellt. Der Künstler hatte versucht, die natürliche Färbung der Gesteinsadern nicht zu ändern, sondern nur noch zu betonen. Man kann das an den Stücken in Raum 2 sehr gut beachten.

Raum 3 umfaßt die spätminoische Zeit mit Töpferware im Marinestil aus der Gegend von Makrigialos. Der Schaukasten in der Mitte enthält Schmuck und Arbeiten in Elfenbein. Von den Gipfelheiligtümern der mittelminoischen Zeit, besonders von Petsofas oberhalb von Palaikastro in Ostkreta stammen ebenfalls viele Funde. Eine Reihe davon zeigen Kleidung und Haartracht jener Zeit sowie verschiedene Haltungen und Methoden der Anbetung. Ein gutes Beispiel dafür ist der Triton aus schwarzem Speckstein mit der Darstellung von zwei Männern, von denen der eine dem anderen eine Flüssigkeit über die Hand gießt.

In Raum 3 befindet sich auch eine Sammlung mit Beispielen der zwei verschiedenen Arten minoischer Tonsarkophage, die sogenannten Truhensarkophage einerseits und die Sarkophage im Badewannenstil andererseits. Bisweilen tragen sie Verzierungen mit Vögeln und Themen des Meeres. Man beachte die Ablauflöcher am Boden der Sarkophage, die auf eine doppelte Benutzung als Badewannen und Särge hindeutet.

Die wunderbare, einzigartige goldene Nadel mit eingravierten Linear A-Zeichen ist ein Geschenk an das Museum. Man kann sie im Schaukasten mit den Schmuckstücken in Raum 3 bewundern.

Ein weiteres seltenes Stück ist ein Pithos von der Bestattung eines Kindes, besonders deshalb weil er bei seiner Entdeckung im ursprünglichen Zustand belassen worden war. Dieser Fund aus der mittelminoischen Zeit steht in Raum 4. Hier befinden sich auch eine Reihe mittelminoischer Begräbnisurnen im neuen Stil mit geraden Seitenwänden, die von den Friedhöfen von Sitia und Kritsa zutage gefördert worden waren. Sie tragen ebenso wie die Urnen der frühminoischen Zeit das heilige Hörnersymbol der Minoer. Ansonsten sieht man noch ein Töpferrad von einem Grab in Kritsa, eine Weiterentwicklung der flachen Töpfersteine, wie sie in Raum 2 gezeigt werden.

Zu der Sammlung von Stücken aus der frühen Steinzeit, ebenfalls in Raum 4, gehören auch die nachminoischen geometrischen und orientalisierenden Gegenstände. In ihrer einfachen Form sind sie ein Beispiel für den Niedergang der Kunst in jener Zeit .

Funde der Dädalischen Zeit (siebtes Jahrhundert v. Chr.), die als das Ende der ruhmreichen Zeit des antiken Kretas gilt, sind in Raum 5 und 6 ausgestellt. Dazu gehören der archaische Kopf einer Tonstatue, die bei Sitia gefunden wurde, Votivgaben von Olous und eine Sammlung von Öllampen (eine davon mit siebzig Dochten).

Stücke der griechisch-römischen Zeit sieht man in Raum 7. Sie stammen größtenteils von dem römischen Friedhof im Bezirk Potamos in der Stadt Agios Nikolaos aus dem ersten Jahrhundert n. Chr. Unter anderem gehören dazu viele Glasflaschen, deren Funktion zunächst nicht richtig verstanden wurde und die man "Tränenfläschchen" nannte. Der bemerkenswerteste Gegenstand aus dieser Zeit ist jedoch der kranzumwundene Schädel eines Athleten mit einer Münze im Mund. Die Münze, die 1.900 Jahre hier gelegen war, hatte am Kieferknochen grüne Oxidationsspuren hinterlassen. Es war das traditionelle Entgelt des Fährmannes Charon, der die Toten über den Fluß Styx bringen mußte. Das Auffälligste hier ist aber, daß die Münze aus der Stadt Polirinia bei Kastelli (Chania) in Westkreta stammt.