En 1204, les Croisés occupèrent Constantinople et démantelèrent l’Empire Byzantin. La Crète fut occupée par Boniface de Montferrat qui, par la suite, la vendit aux Vénitiens pour mille pièces d’argent environ. La Crète était nécessaire aux Vénitiens, comme carrefour, pour leurs intérêts commerciaux à l’Est. Les Génois, ennemis traditionnels des Vénitiens, s’opposèrent à l’occupation, aux côtés de la population native. Pendant les premiers siècles de l’occupation Vénitienne, il y eut des émeutes continuelles.

Le système Vénitien de gouvernement, fut oppressif et strictement maintenu. Des Suzerains, nommés directement par Venise, exploitèrent, efficacement les ressources de la Crète. De lourdes taxes, des prix fixes très bas pour les produits et la confiscation de la terre privée causèrent des rébellions et émeutes locales continuelles.

Peu à peu, les Vénitiens relâchèrent leur régime et permirent des alliances et la liberté d’établissement partout en Crète. Avec ces changements, la vie sociale et économique de plusieurs Crétois fut améliorée. Pendant le Moyen Age, l’exportation de maïs, d’huile et de sel animèrent les ports. Le vin Crétois était aussi largement exporté et devint fameux dans toute l’Europe. Toutefois, le système du servage et du travail statutaire dura, jusqu’à la fin de l’occupation Vénitienne.

Après la chute finale de Constantinople en 1453, des savants émigrèrent en Crète. Ainsi, l’île devint un centre d’arts Byzantins. Bientôt les influences de la Renaissance Italienne furent combinées avec les principes de l’esthétique classique et avec les caractéristiques Byzantines et une nouvelle école de peinture, "l’Ecole Crétoise", fut formée. Pendant cette période-là, le peintre d’icônes renommé, Damaskinos, étudia avec Dominikos Theotokopoulos ("El Greco"), à l’école d’Agia Ekaterini (Iraklion).

Avec le développement d’écoles semblables à celles de Venise, l’éducation progressa. Plusieurs Crétois étudièrent aux universités de Venise et Padoue et revinrent en Crète comme docteurs et avocats. Les monastères (Moni Agarathou et Moni Vrondisi) devinrent, aussi, des centres d’étude et les moines savants de Crète devinrent des dirigeants signifiants dans l’Eglise Orthodoxe.

Pendant que l’éducation fleurissait, la langue écrite, aussi, se développa. Pendant cette période-là, les principaux auteurs furent: Georgios Hortatzis, auteur de l’oeuvre dramatique Erophile et Vincenzos Kornaros, avec son oeuvre Erotokritos. Ils s’agit d’un chef d’oeuvre de la littérature Crétoise, qui est toujours actuel.

Pendant l’occupation Vénitienne, l’architecture Italienne s’étendit rapidement à travers l’île. Les villes Crétoises (Chania, Rethimnon et Iraklion) devinrent semblables aux villes Vénitiennes, avec des bâtiments, des forteresses, des ports et des églises créés par des architectes Italiens.

Au seizième siècle, avec la menace de l’invasion Turque imminente, on commença à reconstruire de grandes forteresses. Pendant un siècle durant, on construisit le "Megalo Kastro", la fortification d’Iraklion, qui existe encore. Toutes les villes principales et les ports de Crète avaient de telles forteresses.