Sebbene si siano conservate poche vestigia di rilevanza storica, la città ospita il secondo museo archeologico per importanza di tutta Creta. Fondato nel 1970, esso si compone di otto sale, dove è allestita una collezione di reperti di recente acquisizione, la maggior parte dei quali provenienti dalla parte orientale di Creta. La mostra è allestita secondo un ordine cronologico, e cioè dal periodo neolitico, fino a quello minoico e greco-romano. Il gioiello della collezione è rappresentato dal vaso per libagioni della dea di Mirtos, realizzato a figura antropomorfica femminile e rinvenuto in un sito risalente all'era del bronzo vicino alla località di Fournos, non lontano da Mirtos. Il museo espone, inoltre, alcuni importanti reperti del Periodo Dedalico ( VII secolo a.C.), momento storico in cui Creta fu all'avanguardia in Grecia nel porre le basi estetiche della scultura dei periodi posteriori. La collezione del museo comprende una testa fittile femminile che è considerata uno dei più alti capolavori dell'arte greca in assoluto.

La collezione più ricca del museo proviene dalla località dalla necropoli di Agìa Fotià, nei pressi di Sitìa. Si tratta di una delle maggiori necropoli in Grecia, con ben 252 tombe del Primo Periodo Minoico (3000 - 2300 a.C.). La struttura delle tombe varia da semplici fosse per la sepoltura di bambini alle prime versioni di tomba a camera. Molte delle tombe venivano utilizzate ripetutamente e contenevano oggetti per la vita della'ldilà, considerati di valore economico o affettivo per il defunto.

L'impressionante numero e varietà di forme dei vasi rinvenuti (circa 1.500) è ancor più incredibile se si considera che nessuno di essi è stato confezionato con l'aiuto del tornio da vasaio, ma su una semplice pietra dalla superficie piatta, posta su un piattaforma girevole. Solo le decorazioni dei vasi rinvenuti ad Agìa Fotià sono incisioni. Uno degli esemplari più belli è rappresentato da un vaso modellato a forma di uccello, con il piumaggio inciso. Questo vaso è una delle prime versioni di quella che sarà una forma caratteristica dell'arte ceramica cretese. Le piattaforme girevoli su cui veniva realizzato questo vasellame sono in esposizione nella Sala 2.

Le tombe di Agìa Fotià hanno restituito anche alcune centinaia di lame di bronzo di insolita grandezza ed affilatura. Di particolare interesse è la lama piegata. Si tratta di un esempio della rara consuetudine di porre accanto alla salma del defunto un'arma ormai fuori uso al tempo della sepoltura. Di particolare interesse è anche la collezione di ami da pesca, che sono gli esemplari più antichi della Creta minoica.

Il secondo gruppo di vasellame in esposizione presso il museo proviene da insediamenti del Primo Periodo Minoico (2600 - 2300 a.C.), nei pressi di Mirtos e di Fournou Korfi. Il vasellame presenta delle caratteristiche nettamente diverse da quelle rinvenute ad Agìa Fotià. La Dea di Mirtos è l'esempio più famoso dell'arte di questo periodo. L'insolita forma a campana, il lungo collo ed i tratti rozzi del volto, sono le caratteristiche salienti che rendono questo esemplare uno dei pezzi più importanti di tutta la collezione museale.

Lo stile ceramico cosiddetto di Vasilikì è anchesso ben rappresentato nel museo. Come già accennato precedentemente, questo stile ceramico è caratterizzato da una colorazione bruno-rossiccia e da alcune screziature del colore, dovute alla intenzionale variazione della temperatura di cottura. Splendidi esempi di questo tipo di vasellame sono in esposizione presso la Sala 2. Di notevole interesse è la teiera dal lungo becco.

Il museo espone anche splendidi esemplari di arte orafa prepalaziale. Nella Sala 2 si trova un elegante fermaglio per capelli di fattura minoica ed una corona doro, rinvenuta in un cofanetto d'argento. Qu'estultimo è un reperto ritrovato in una tomba minoica di eccezionale interesse, poichè l'uso di lasciare corredi funebri di valore nelle sepolture non si affermò che molto più tardi. Si ritiene, comunque, che questo ritrovamento sia stato all'origine dello sviluppo di questa usanza più tarda.

Il museo espone anche manufatti in pietra, così importanti nell'evoluzione artistica cretese. Gli artisti hanno cercato di non intervenire pesantemente sulla colorazione naturale e sulle venature della roccia, ma anzi ne hanno accentuato il valore decorativo con il loro intervento artistico. Eleganti esemplari di qu'estarte sono in esposizione presso la Sala 2.

La Sala 3 contiene reperti del Tardo Periodo Minoico con vasellame decorato con motivi marini, rinvenuti nei pressi di Makrìgialos. La teca al centro della sala espone gioielli ed incisioni in avorio. La collezione museale è anche ben fornita di reperti provenienti dai Santuari Rupestri del Medio Periodo Minoico, ed in particolare da Petsofàs, sopra Palaìkastro, nella parte orientale dell'isola. Molti di questi reperti rivelano particolari sull'abbigliamento e le acconciature del tempo, nonchè sugli atteggiamenti di preghiera e sulle pratiche di devozione. Un esemplare di straordinario interesse è rappresentato da un ritone in steatite nera, che raffigura due figure maschili, luna delle quali versa un liquido sulle mani protese dell'altra.

Nella Sala 3 si trova una piccola collezione dei due tipi fittili di sarcofagi minoici: i làrnakes (urne) e quelli a vasca. Qui si trovano in esposizione alcuni sarcofagi decorati con uccelli e scene di vita marina. Da notare i fori alla base dei sarcofagi con funzione di drenaggio, possibile indizio del loro doppio uso come bare e come vasche da bagno!

La superba, se non unica fibbia in oro con incisioni in Lineare A è stata donata al museo nel 1981 dall'archeologo J. P. Oliver. Il reperto si trova in un cofanetto da gioielleria al centro della Sala 3.

Nella Sala 4 si trova un pithos (giara), utilizzato come sepoltura per un bambino, risalente al Medio Periodo Minoico. È esposto esattamente come è stato ritrovato, senza alcun intervento. In questa sala si trovano anche esemplari del nuovo stile di urne funerarie squadrate di questo periodo, rinvenute nelle necropoli di Sitìa e di Kritsà. Il nuovo stile reca comunque sempre il motivo sacrificale minoico delle corna. Qui si trova anche il tornio rinvenuto in una tomba di Kritsà, che completa lesposizione delle pietre piatte girevoli della sala 2.

Queste sale espongono reperti del Periodo Dedalico (VII secolo a.C.), che si ritiene sia stato l'ultima vera scintilla dell'antica civiltà cretese. L'esposizione comprende una testa arcaica di una statua fittile, rinvenuta presso Sitìa, offerte votive provenienti da Olous ed una collezione di lucerne ad olio, una delle quali con ben settanta becchi.

Nella Sala 7 si trovano i reperti di epoca greco-romana, provenienti in gran parte dalla necropoli romana di Potamòs, nella città di Agios Nikòlaos, del I secolo a.C. Sono comprese delle bottigliette per profumi, sulla cui funzione si erano avanzate ipotesi infondate, tanto da essere definite bottigliette per lacrime. Il reperto più straordinario di questa sala è, comunque, rappresentato dal cranio di atleta, rinvenuto con il suo elmo e con una moneta doro in bocca. La moneta, che era rimasta al suo posto per un periodo di 1900 anni, ha lasciato tracce verdi di ossidazione sull'osso della mandibola. La moneta era il tradizionale pagamento per l'attraversamento del fiume Stige, che il barcaiolo Caronte esigeva dalle anime che volevano essere traghettate nel mondo dell'aldilà. Ancor più interessante è, comunque, il fatto che questa moneta apparteneva alla città di Polirinia, vicino Kastelli, all'estremità occidentale dell'isola.