Das sechzehnte Jahrhundert brachte die Venezianer, die die Stadt nach der Agios Nikolaos-Kapelle auf der Halbinsel Limena benannten. Diese kleine byzantinische Kirche hat seltene Fresken aus dem achten, dem zehnten und elften Jahrhundert und gehört zu den wenigen Beispielen byzantinischen Kirchenbaus in den schwierigen Zeiten um das achte Jahrhundert, als die Araber das Byzantinerreich bedrängten. Die Kirche ist beim Hotel Minos Palace am Nordende der Stadt, bei der Ausfahrt nach Elounda.